La consuetudine diffusa in Sicilia di celebrare il Natale con il presepe portò i maestri trapanesi a realizzare per le chiese e le dimore della ricca borghesia dei secoli XVII e XVIII singoli pastori o composizioni presepiali di varie dimensioni, con gli stessi materiali con i quali erano soliti creare piccole sculture e statuine votive. I personaggi rappresentati sono quelli tipici del presepe siciliano che possono essere classificati in tre categorie: quelli che al momento della nascita del Bambino sono vicino alla grotta di Betlemme, altri che dopo la nascita vanno a fare visita a Gesù, tra cui i Re magi, altri ancora che non fanno parte della Natività e che rappresentano episodi citati nel Vangelo e successivi al lieto evento, come "La strage degli innocenti". Le statuine presepiali, oltre che in corallo, avorio, alabastro, venivano realizzate anche con materiali più semplici come il legno associato alla tela e alla colla, una tecnica utilizzata anche per i gruppi scultorei processionali dei "Misteri" di Trapani, nella quale eccelse Giovanni Matera (1653-1718), autore di manufatti conservati, oltre che a Trapani e a Palermo, anche a Monaco di Baviera. Egli scolpiva accuratamente sul legno di tiglio o cipresso i volti, le gambe, le mani e le parti del corpo in vista, sbozzava appena l'ossatura delle figure e su questa applicava i vestiti fatti di piccoli pezzi di tela o lino finissimi, trattati con gesso e colla e variamente colorati. Le fogge dei vestiti rispondono al gusto popolare del tempo; i colori sono il bianco, il verde scuro, il blu, il rosso, il marrone, con qualche tocco di oro nei decori; la pelle è di colore rosato. Vengono attribuiti al Matera "La Venditrice di uova" e "La Madre con il bambino". Ai fratelli Andrea e Alberto Tipa, che nel secolo XVIII lavorarono indistintamente il marmo, l'avorio, la conchiglia, la pietra incarnata, il "legno, tela e colla", viene riferito un gruppo di figurine tra cui una "Madonna con il Bambino" e "San Giuseppe". Oltre alle singole statuine presepiali la collezione del Museo include anche alcuni presepi completi: due esemplari che presentano un'ambientazione scenica in materiali marini, corallo e alabastro sono attribuiti ad Andrea Tipa (1725-1766) e alla sua bottega. In entrambi, le figure sono disposte tra balze e anfratti di una montagna formata da concrezioni marine, sulla quale, in alto, è collocata una città turrita e fortificata, probabilmente Gerusalemme. Le dimensioni delle statuine diminuiscono secondo la loro collocazione in profondità, creando così una sorta di scansione prospettica. Altri due presepi sono caratterizzati da un'ambientazione fatta di ruderi e rovine architettoniche che simbolicamente evidenziano, da un lato, la decadenza del mondo classico e pagano e, dall'altro, con la nascita di Gesù, il trionfo della religione cristiana sul paganesimo. Tali creazioni ben si inseriscono nella corrente del cosiddetto "rovinismo", affermatasi di pari passo con il rinnovato interesse per il mondo classico, cui aderirono molti scultori e pittori dell'epoca che inserirono spesso nella loro produzione il tema del rudere.